这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCANVIS。
Bioconductor版本:3.11
SCANVIS是一组annotation-dependent工具分析接头连接,阅读支持预定的对齐选择的工具(例如,星对准器)。SCANVIS评估每个结的相对阅读支持(RRS)有关的背景下地方分裂读取校准注释记录。SCANVIS也注释每一个接头连接指示是否结支持注释,如果没有,它是什么类型的结(如外显子跳过,替代5”或3”事件,小说外显子)。未经路口也进一步注释指示是否诱发一个框架转变。SCANVIS包括一个可视化函数生成静态sashimi-style情节描述相对阅读支持和分裂读取次数使用电弧厚度和高度,方便用户现场支持连接。这些情节也清楚地列明未经连接使用指定的配色方案,从注释的和选择的用户还可以突出接头连接。变异和/或读取配置文件也incoroporated情节如果用户供应变体在床上格式和/或BAM文件。可视化的一个进一步的功能函数,用户可以提交多个样品的某些疾病或队列来生成一个情节通过“合并”功能——这发生在连接多个样品细节合并生成一个生鱼片的阴谋,这是对比cohorots(如时有用。疾病与控制)。
作者:菲德拉Agius < pagius nygenome.org >
维护人员:菲德拉Agius < pagius nygenome.org >
从内部引用(R,回车引用(“SCANVIS”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SCANVIS”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SCANVIS”)
R脚本 | SCANVIS | |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | 注释,ResearchField,软件,转录组,可视化,WorkflowStep |
版本 | 1.2.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(1年) |
许可证 | 文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6) |
进口 | IRanges,plotrix,RCurl,rtracklayer |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SCANVIS_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | SCANVIS_1.2.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | SCANVIS_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCANVIS |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCANVIS |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SCANVIS/ |
包下载报告 | 下载数据 |