sbgnview

doi：10.18129/b9.bioc.sbgnview

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅sbgnview。

叠加omics数据到SBGN途径图

生物导体版本：3.11

SBGNView是一个R软件包，可在SBGN途径图上可视化OMICS数据。给定的OMICS数据和带有布局信息的SBGN-ML文件，SBGNView可以在字形和输出图像文件上显示OMICS数据。SBGNView提供了控制字形和边缘功能（例如颜色，线宽等）的广泛选项。为了促进基于途径的分析，SBGNView还提供了从SBGN-ML文件中提取分子集的功能。SBGNVIEW可以将大量基因，蛋白质和复合ID型映射到字形上。

作者：小东，Weijun Luo

维护者：gmail.com上的xiaoxi dong

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sbgnview”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ sbgnview”）

html	R脚本	使用SBGNVIEW基因集的途径分析
html	R脚本	sbgnview函数
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，遗传学，，，，GraphandNetwork，，，，代谢组学，，，，微阵列，，，，途径，，，，蛋白质组学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1年）
执照	AGPL-3
要看	r（> = 3.6），PathView，，，，sbgnview.data
进口	rdpack，grdevices，方法，统计，utils，XML2，，，，RSVG，，，，Igraph，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，总结性特征，，，，AnnotationDbi
链接
建议	测试，，，，量规
系统要求
增强
URL	https://github.com/datapplab/sbgnview
BugReports	https://github.com/datapplab/sbgnview/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sbgnview_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sbgnview_1.2.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sbgnview_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sbgnview
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sbgnview
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sbgnview/
软件包下载报告	下载统计