Rsamtools
DOI:
10.18129 / B9.bioc.Rsamtools
此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsamtools．
二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入
Bioconductor版本:3.11
这个包提供了一个到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序的接口，用于操作SAM(序列对齐/映射)，FASTA，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。
作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Nathaniel Hayden
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内，输入引用(“Rsamtools”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rsamtools")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Rsamtools”)
细节
| biocViews |
对齐，报道，DataImport，质量控制，测序，软件 |
| 版本 |
测试盒框 |
| 在Bioconductor |
BioC 2.6 (R-2.11)(10.5年) |
| 许可证 |
artist -2.0 |文件许可证 |
| 取决于 |
方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(> = 2.47.6) |
| 进口 |
跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc，bitops，BiocParallel,统计数据 |
| 链接 |
Rhtslib(> = 1.17.7),S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings |
| 建议 |
GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，KEGG.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RUnit，BiocStyle |
| SystemRequirements |
GNU使 |
| 增强了 |
|
| URL |
//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools |
| 全靠我 |
ArrayExpressHTS，BaalChIP，BitSeq，嵌合体，食典委，contiBAIT，CoverageView，esATAC，exomeCopy，弗雷泽，GenomicAlignments，GenomicFiles，girafe，gmapR，HelloRanges，感兴趣，leeBamViews，MEDIPS，methylPipe，MMDiff2，podkat，r3Cseq，Rcade，RepViz，ReQON，rfPred，RIPSeeker，rnaSeqMap，范围，测序，SGSeq，ShortRead，SICtools，SNPhood，ssviz，systemPipeR，TarSeqQC，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation，wavClusteR |
| 进口我 |
AllelicImbalance，高山，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，BBCAnalyzer，biovizBase，biscuiteer，breakpointR，BRGenomics，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，cellbaseR，CexoR，chimeraviz，ChIPComp，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPQC，ChIPSeqSpike，chromstaR，chromVAR，cn.mops，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVrd2，compEpiTools，consensusDE，CopyNumberPlots，文案，CrispRVariants，csaw，CSSQ，customProDB，DAMEfinder，derfinder，DEXSeq，DiffBind，diffHic，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，epigenomix，eudysbiome，exomePeak2，FourCSeq，FunChIP，FunciSNP，gcapc，GeneGeneInteR，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicInteractions，GenVisR，ggbio，GGtools，gmoviz，哥特，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，HTSeqGenie，icetea，ima，检查，karyoploteR，ldblock，LungCancerLines，MACPET，MADSEQ，联合化疗，metagene，metagene2，metaseqR2，methylKit，MMAPPR2，MMAPPR2data，马赛克，motifmatchr，msgbsR，MTseeker，NADfinder，ngsReports，诊断，ORFik，panelcn.mops，PGA，图片，plyranges，婴儿车，PureCN，QDNAseq，qsea，QuasR，R453Plus1Toolbox，ramwas，Rariant，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RNAmodR，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer，颈背，segmentSeq，seqplots，seqsetvis，SimFFPE，soGGi，SplicingGraphs，srnadiff，strandCheckR，TCseq，TFutils，tracktables，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，VariantFiltering，VariantTools，vasp，VCFArray |
| 建议我 |
AnnotationHub，APAlyzer，bamsignals，BaseSpaceR，BiocGenerics，BiocParallel，biomvRCNS，芝加哥，chipseqDB，chipseqDBData，csawUsersGuide，epivizrChart，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，gQTLstats，IRanges，metaseqR，omicsPrint，parathyroidSE，profileplyr，收回，RNAmodR。毫升，SeqArray，seqbias，SigFuge，similaRpeak，彩带，TFutils |
| 链接到我 |
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| 构建报告 |
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