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Rqc
DOI:10.18129 / B9.bioc.Rqc
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rqc。
高通量测序数据的质量控制工具
Bioconductor版本:3.11
Rqc是一个优化工具用于高通量测序数据的质量控制和评估。它执行并行处理整个文件并生成一个报告,包含一组高分辨率图形。
作者:Welliton Souza, Benilton卡瓦略< beniltoncarvalho gmail.com >
维护人员:Welliton Souza < well309 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“Rqc”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rqc”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Rqc”)
| HTML | R脚本 | 使用Rqc |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,质量控制,测序,软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(6年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | BiocParallel,ShortRead,ggplot2 |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.25.1),Biostrings,IRanges、方法、S4Vectors,knitr(> = 1.7),BiocStyle,plyr,减价、网格reshape2,Rcpp(> = 0.11.6),biovizBase,闪亮的,Rsamtools,GenomicAlignments,GenomicFiles |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/labbcb/Rqc |
| BugReports | https://github.com/labbcb/Rqc/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | Rqc_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | Rqc_1.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rqc |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rqc |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rqc/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
