Roleswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.Roleswitch

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Roleswitch．

使用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA的相互作用

Bioconductor版本:3.11

使用来自单个样本的成对表达数据推断MiRNA-mRNA相互作用签名(ProMISe)的概率。Roleswitch分为两个阶段，通过推断mRNA (miRNA)成为miRNA (mRNA)的目标(“目标”)的概率，考虑到所有mRNA (miRNA)的表达，因为它们对同一miRNA (mRNA)的潜在竞争。由于细胞中miRNA的动态抑制，Roleswitch假设总转录mRNA水平高于观察到的(平衡)mRNA水平，并基于上述推断迭代更新每个mRNA目标的总转录。注:在本文中，我们使用ProMISe作为模型名称和推断分数名称。

作者:李岳

维护者:Yue Li

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“Roleswitch”)

PDF	R脚本	Roleswitch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件，microrna的
版本	1.25.0
在Bioconductor公司	BioC 2.13 (R-3.0)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10)，pracma，重塑，plotrix，微，biomaRt，Biostrings，Biobase，DBI
进口
链接
建议	ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/roleswitch.html
全靠我
进口我	miRLAB
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Roleswitch_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	Roleswitch_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Roleswitch
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Roleswitch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Roleswitch/
软件包下载报告	下载数据