rmmquant
doi：10.18129/b9.bioc.rmmquant
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅rmmquant。
RNA-seq多映射读取量化工具
生物导体版本：3.11
RNA-Seq当前常规使用，并提供有关基因转录的准确信息。但是，该方法无法准确估计重复的基因表达。以前已经使用了几种策略，但所有策略都提供了有偏见的结果。使用rmmquant，如果在不同位置处的读取地图，该工具会检测到相应的基因被复制。它融合了基因并创建合并的基因。然后，模棱两可的读取的计数基于输入基因和合并基因。RMMQuant是对广泛使用的工具findoverlaps和featurecounts的置换式替换，该工具以毫无疑问的方式处理多映射读取。
作者：Zytnicki Matthias [AUT，CRE]
维护者：zytnicki matthias
引用（从r内，输入引用（“ rmmquant”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rmmquant”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rmmquant”）
| html | R脚本 | rmmquant包装 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 基因表达，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（2年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 3.6） |
| 进口 | RCPP（> = 0.12.8），方法，S4VECTORS，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，DevTools，，，，TBX20BAMSUBSET，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，org.mm.eg.db，，，，deseq2，，，，生物使用 |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，测试 |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rmmquant_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | rmmquant_1.6.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | rmmquant_1.6.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmmquant |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rmmquant |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rmmquant/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
