林格

DOI:10.18129 / B9.bioc.Ringo

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见林格

芯片-芯片寡聚阵列的研究

Bioconductor版本:3.11

软件包Ringo有助于对ChIP-chip数据进行初步分析。该软件包的主要功能是数据读取,质量评估,数据可视化和识别显示富集在ChIP-chip的基因组区域。该包具有处理用于ChIP-chip项目的NimbleGen的双色寡核苷酸微阵列的功能,但也包含更多用于ChIP-chip数据分析的通用函数,因为数据是作为RGList(原始)或ExpressionSet(预处理)提供的。该包采用了来自Bioconductor项目的各种其他包的功能,并提供了额外的特定于chip- chip和特定于nimblegen的功能。

作者:Joern Toedling, Oleg Sklyar, Tammo Krueger, Matt Ritchie, Wolfgang Huber

维护者:J. Toedling

引文(从R内,输入引用(“林格”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“林格”)

PDF R脚本 R NimbleGen寡聚阵列的研究
PDF 参考手册

细节

biocViews DataImport微阵列预处理质量控制软件TwoChannel
版本 1.52.0
在Bioconductor BioC 2.0 (R-2.5)(13.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,Biobase(> = 1.14.1),RColorBrewerlimma矩阵、网格晶格
进口 BiocGenerics(> = 0.1.11),genefilterlimmavsn, stats4
链接
建议 rtracklayer(> = 1.3.1),mclusttopGO(> = 1.15.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 ccTutorialSimBindProfiles斯塔尔
进口我 Repitools
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 Ringo_1.52.0.tar.gz
Windows二进制 Ringo_1.52.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) Ringo_1.52.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Ringo
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Ringo
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Ringo/
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