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Rhisat2
DOI:10.18129 / B9.bioc.Rhisat2
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rhisat2。
R为HISAT2对准器包装器
Bioconductor版本:3.11
R接口HISAT2拼接短内容调整器由金正日et al . (2015)。包包含包装器函数来创建一个基因组指数和执行读对齐生成的指数。
作者:夏洛特Soneson (aut (cre)
维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“Rhisat2”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rhisat2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Rhisat2”)
| HTML | R脚本 | Rhisat2 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 对齐,测序,软件,SplicedAlignment |
| 版本 | 1.4.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.6) |
| 进口 | GenomicFeatures,SGSeq,GenomicRanges、方法、跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/fmicompbio/Rhisat2 |
| BugReports | https://github.com/fmicompbio/Rhisat2/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | QuasR |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | Rhisat2_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Rhisat2_1.4.0.zip(64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | Rhisat2_1.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rhisat2 |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rhisat2 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rhisat2/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
