Repitools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Repitools．

外遗传性工具

Bioconductor版本:3.11

基于富集的表观基因组数据分析工具。功能包括根据基因表达背景总结和可视化跨启动子的表观基因组数据，发现差异甲基化/结合区域，BayMeth用于甲基化量化等。

作者:Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh.ch>，Dario Strbenac , Aaron Statham , Andrea Riebler

维护者:Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Repitools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Repitools”)

PDF	R脚本	使用Repitools进行表观基因组测序数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，GeneExpression，MethylSeq，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.8.0)
进口	平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome(> = 1.47.3),gplots、网格质量，gsmoothr，刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy，林格，Rsolnp，集群
链接
建议	ShortRead，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Repitools_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	Repitools_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Repitools_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Repitools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Repitools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Repitools/
软件包下载报告	下载数据