ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomePA。

Reactome途径分析

Bioconductor版本:3.11

这个包提供了路径分析功能基于REACTOME通路数据库。它实现了富集分析,基因集富集分析和一些可视化的功能。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),弗拉季斯拉夫•Petyuk(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ReactomePA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ReactomePA”)

HTML	R脚本	R包Reactome途径分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot,ggplot2,ggraph,reactome.db,