此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ReactomeGSA.
Bioconductor版本:3.11
ReactomeGSA包使用Reactome的在线分析服务来执行多组学基因集分析。这个包的主要优点是,可以使用REACTOME强大的web应用程序可视化检索结果。由于Reactome的分析服务也使用R来执行实际的基因集分析,当在本地使用相同的包(如limma和edgeR)时,您将得到类似的结果。因此,如果你只需要一个基因集分析,不同的软件包更适合。
维护者:Johannes Griss < Johannes。Griss在meduniwien.ac.at>
引文(从R内,输入引用(“ReactomeGSA”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ReactomeGSA”)
超文本标记语言 | R脚本 | 分析单细胞RNAseq数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 使用ReactomeGSA包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneExpression,GeneSetEnrichment,蛋白质组学,Reactome,软件,SystemsBiology,转录组 |
版本 | 1.2.4 |
在Bioconductor | bio3.10 (R-3.6)(1年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | |
进口 | jsonlite,httr,进步,ggplot2、方法、gplots,RColorBrewer |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,ReactomeGSA.data,Biobase,devtools |
SystemRequirements | |
增强了 | limma,刨边机,修拉(> = 3.0),嘘 |
URL | https://github.com/reactome/ReactomeGSA |
BugReports | https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues |
全靠我 | ReactomeGSA.data |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ReactomeGSA_1.2.4.tar.gz |
Windows二进制 | ReactomeGSA_1.2.4.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | ReactomeGSA_1.2.4.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ReactomeGSA |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/ |
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