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Rcade
DOI:10.18129 / B9.bioc.Rcade
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rcade。
R-based ChIP-seq和微分表达式的分析——基于一个集成的工具点ChIP-seq汇总数据分析与微分表达式
Bioconductor版本:3.11
Rcade(代表“R-based ChIP-seq和微分表达式的分析”)是一个集成的工具与微分表达式ChIP-seq数据汇总数据,通过贝叶斯框架。鉴别的关键应用程序感兴趣的基因转录因子的目标——也就是说,我们收集相关基因ChIP-seq峰,和微分表达式在某些扰动相关的特遣部队。
作者:乔纳森·凯恩斯
维护人员:乔纳森·凯恩斯< jmcairns200 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“Rcade”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rcade”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Rcade”)
| R脚本 | Rcade装饰图案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,DifferentialExpression,GeneExpression,遗传学,测序,软件,转录 |
| 版本 | 1.30.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(8年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R(> = 3.5.0)、方法GenomicRanges,Rsamtools,baySeq |
| 进口 | grDevices跑龙套,统计数据、图形、rgl,plotrix,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicAlignments |
| 链接 | |
| 建议 | limma,biomaRt,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | Rcade_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Rcade_1.30.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | Rcade_1.30.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rcade |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rcade |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rcade/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
