Rariant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rariant

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rariant

识别和评估单核苷酸变异通过绝不会报道另类基地调用频率的变化

Bioconductor版本:3.11

Rariant的包装标识单核苷酸变异从测序数据基于二项分布的差异之间的错配率匹配样本。

作者:朱利安格林贝恩德•西蒙•安德斯·克劳斯

维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >

从内部引用(R,回车引用(“Rariant”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rariant”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rariant”)

HTML R脚本 Rariant
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文本 新闻

细节

biocViews GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,VariantDetection,可视化
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(6.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.0.2),GenomicRanges,VariantAnnotation
进口 方法,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,ggbio,ggplot2,exomeCopy,SomaticSignatures,Rsamtools,闪亮的,VGAM,dplyr,reshape2
链接
建议 h5vcData,testthat,knitr,optparse,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/juliangehring/Rariant
BugReports https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我
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我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 Rariant_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 Rariant_1.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉) Rariant_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rariant
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rariant
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Rariant/
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