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RUVSeq
DOI:10.18129 / B9.bioc.RUVSeq
此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RUVSeq．
从RNA-Seq数据中去除不需要的变化
Bioconductor版本:3.11
该包实现了Risso等人(2014)的去除不需要的变异(RUV)方法，用于样本之间RNA-Seq读取计数的规范化。
作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Lorena Pantano [ctb]， Kamil Slowikowski [ctb]
维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“RUVSeq”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“RUVSeq”)
| R脚本 | RUVSeq:从RNA-Seq数据中去除不需要的变异 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在Bioconductor | bio3.0 (R-3.1)(6年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | Biobase，EDASeq(> = 1.99.1),刨边机 |
| 进口 | 方法,质量 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，RColorBrewer，zebrafishRNASeq，DESeq2 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/drisso/RUVSeq |
| BugReports | https://github.com/drisso/RUVSeq/issues |
| 全靠我 | rnaseqGene |
| 进口我 | consensusDE，ribosomeProfilingQC，司康饼 |
| 建议我 | DEScan2 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RUVSeq_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RUVSeq_1.22.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | RUVSeq_1.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RUVSeq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RUVSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RUVSeq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
