RTCGA

doi：10.18129/b9.bioc.rtcga

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅RTCGA。

癌症基因组图集数据整合

生物导体版本：3.11

癌症基因组地图集（​​TCGA）数据门户提供了一个平台，可让研究人员搜索，下载和分析TCGA生成的数据集。它包含临床信息，基因组表征数据和肿瘤基因组的高水平序列分析。关键是要了解改善癌症护理的基因组学。RTCGA软件包使用患者条形码键提供下载和集成TCGA数据的品种和音量，这使数据拥有更容易。这可能会对对科学发展和患者治疗的改善的影响产生好处。此外，RTCGA软件包将TCGA数据转换为简便使用的形式，这很方便使用。

作者：Marcin Kosinski ，przemyslaw biecek

维护者：Marcin Kosinski

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rtcga”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ RTCGA”）

html		集成TCGA数据-RTCGA工作流程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，datarepresentation，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.3.0）
进口	XML，，，，断言，，，，Stringi，，，，rvest，，，，Data.Table，，，，XML2，，，，dplyr，，，，purrr，，，，生存，，，，幸存者，，，，GGPLOT2，，，，ggthemes，，，，维里迪斯，，，，尼特，，，，秤
链接
建议	DevTools，，，，测试，，，，潘德，，，，生物酶，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，rtcga.rnaseq，，，，rtcga.Clinical，，，，rtcga.mutations，，，，rtcga.rppa，，，，rtcga.mrna，，，，rtcga.mirnaseq，，，，rtcga.methylation，，，，rtcga.cnv，，，，rtcga.pancan12，，，，马格里特，，，，花花公子
系统要求
增强
URL	https://rtcga.github.io/rtcga
BugReports	https://github.com/rtcga/rtcga/issues
取决于我	rtcga.Clinical，，，，rtcga.cnv，，，，rtcga.methylation，，，，rtcga.mirnaseq，，，，rtcga.mrna，，，，rtcga.mutations，，，，rtcga.pancan12，，，，rtcga.rnaseq，，，，rtcga.rppa
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rtcga_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	rtcga_1.18.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	rtcga_1.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtcga
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rtcga
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rtcga/
软件包下载报告	下载统计