此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见RNAsense.
Bioconductor版本:3.11
RNA-sense工具在野生型和突变型两种实验条件下比较RNA-seq时间曲线,并分三步工作。在步骤1中,它为每种条件下(即野生型)的每个转录本构建表达谱,并测试转录本丰度是否显著增长或衰减。然后根据切换的时间点将动态转录本排序到不重叠的组(时间配置文件)。在第2步,rna检测输出不同表达的转录本组,与野生型相比,突变体中的转录本在每个时间点上调或下调。在步骤3,计算步骤1的输出(上下切换时间剖面组)和步骤2的输出(差异表达的转录本组)之间的相关性(Fisher精确检验)。相关分析结果打印为二维彩色图,分别在y轴和x轴上有时间分布和差异表达组,便于数据的生物学解释。
作者:Marcus Rosenblatt [cre], Gao Meijang [aut], Helge Hass [aut], Daria Onichtchouk [aut]
维护者:Marcus Rosenblatt < Marcus。Rosenblatt在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“RNAsense”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RNAsense")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RNAsense”)
超文本标记语言 | R脚本 | 把你的小插图的标题放在这里 |
参考手册 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,软件 |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | bio3.10 (R-3.6)(1年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.6) |
进口 | ggplot2平行,NBPSeq,qvalue,SummarizedExperiment,统计,utils,方法 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/marcusrosenblatt/RNAsense |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RNAsense_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | RNAsense_1.2.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | RNAsense_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAsense |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNAsense |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RNAsense/ |
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