河
DOI:10.18129 / B9.bioc.RIVER
此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见河．
RIVER的R包(RNA-Informed Variant Effect on Regulation)
Bioconductor版本:3.11
一种概率建模框架的实现，该框架联合分析个人基因组和转录组数据，以估计一个变体在该个体中具有调控影响的概率。它基于一个生成模型，该模型假设基因组注释，例如变体相对于调控元件的位置，确定了变体是功能性调控变体的先验概率，这是一个未观察到的变量。功能调节变异状态然后影响附近的基因是否有可能在那个人身上显示异常水平的基因表达。有关更多信息、文档和示例，请参阅RIVER网站。
作者:Yungil Kim [aut, cre]， Alexis Battle [aut]
维护者:Yungil Kim
引文(从R内，输入引用(“河”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RIVER")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“河”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 河 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 贝叶斯，BiomedicalInformatics，聚类，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，回归，单核苷酸多态性，软件，SystemsBiology，转录，TranscriptomeVariant，转录组 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(3.5年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 3.3.2) |
| 进口 | glmnet，pROC，ggplot2，图形，统计，Biobase，方法，utils |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，devtools |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ipw012/RIVER |
| BugReports | https://github.com/ipw012/RIVER/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RIVER_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RIVER_1.12.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | RIVER_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIVER |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RIVER |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RIVER/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
