RIPSeeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.RIPSeeker

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此包适用于Bioconductor 3.11版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见RIPSeekerData．

RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计包

Bioconductor版本:3.11

利用负二项发射概率的两态HMM从RIP-seq对准中推断和区分RIP峰值。虽然RIPSeeker是专门为RIP-seq数据分析量身定制的，但它还提供了一套生物信息学工具，集成在这个独立的软件包中，全面解决了从对齐后处理到可视化和注释等问题。

作者:李越

维护者:Yue Li

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	RIPSeq，测序，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 2.15)，方法，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer
进口
链接
建议	biomaRt，ChIPpeakAnno平行,GenomicFeatures
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/software.html
全靠我	RIPSeekerData
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RIPSeeker
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RIPSeeker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RIPSeeker/
软件包下载报告	下载数据