REMP

DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见REMP．

重复元素甲基化预测

Bioconductor版本:3.11

基于机器学习的工具，通过学习周围的遗传和表观遗传信息来预测位点特异性重复元件(RE)的DNA甲基化。这些工具提供了RE DNA甲基化预测的全基因组和单碱基分辨率，这是使用基于阵列或基于测序的平台难以测量的，这使得RE的表观全基因组关联研究(EWAS)和差异甲基化区域(DMR)分析成为可能。

作者:郑一楠[aut, cre]，刘磊[aut]，张伟[aut]， Warren Kibbe [aut]，侯立芳[aut, cph]

维护者:Yinan Zheng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("REMP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“REMP”)

PDF	R脚本	介绍REMP包
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，GenomeWideAssociation，MethylationArray，微阵列，多通道，预处理，质量控制，测序，软件，TwoChannel
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0)
进口	readr，rtracklayer，图形，统计，utils，方法，设置，BiocGenerics，S4Vectors，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BiocParallel，doParallel平行,foreach，脱字符号，kernlab，管理员，BSgenome，AnnotationHub，org.Hs.eg.db，嫁祸于，迭代器
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，minfiDataEPIC
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YinanZheng/REMP
BugReports	https://github.com/YinanZheng/REMP/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	REMP_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	REMP_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	REMP_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/REMP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/
软件包下载报告	下载数据