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RCy3
DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3
此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RCy3．
细胞景观的访问和控制功能
Bioconductor版本:3.11
通过R实现使用Cytoscape对网络进行可视化、分析和探索。
作者:Alex Pico [aut, cre]
， Tanja Muetze[印染]，Paul Shannon[印染]，Ruth Isserlin[印染]，Shraddha Pai[印染]，Julia Gustavsen[印染]，Georgi Kolishovski[印染]
维护者:Alex Pico < Alex。Pico在gladstone.ucsf.edu>
引用(从R中，输入引用(“RCy3”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“RCy3”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 01.RCy3概述~25分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 02.细胞图和图解~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 03.胞景和石墨烯~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 04.导入数据~5分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 05.网络功能和可视化~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 06.癌症网络和数据~40分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 07.标识符映射~20分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 08.升级现有脚本~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 09.胞景和NDEx ~20 min |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 10.分组节点~15分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 11.自定义图形和标签~10分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 12.过滤网络~10分钟 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 13.系统发育树~3分钟 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork，网络，软件，ThirdPartyClient，可视化 |
| 版本 | 2.8.1发布 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.2 (R-3.2)(5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | httr、方法、RJSONIO，XML跑龙套,BiocGenerics，igraph统计数据,图，R.utils |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | Cytoscape (>= 3.7.1)， CyREST (>= 3.8.0) |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/cytoscape/RCy3 |
| BugReports | https://github.com/cytoscape/RCy3/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | categoryCompare，CeTF，NCIgraph，netDx，regutools |
| 建议我 | 石墨，rScudo |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | RCy3_2.8.1.tar.gz |
| Windows二进制 | RCy3_2.8.1.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | RCy3_2.8.1.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/RCy3 |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
