RCAS

doi：10.18129/b9.bioc.rcas

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅RCAS。

以RNA为中心的注释系统

生物导体版本：3.11

RCAS是一种R/生物导体软件包，设计为通用报告工具，用于通过高通量实验检测到的全转录组区域的功能分析。例如，这种转录组可能是通过用于蛋白质RNA相互作用位点的夹式分析检测到的信号峰，RNA修饰位点（别名的表面翻译组），CAGE-TAG位置或其他任何其他查询区域集合在该水平的水平转录组。RCA基于查询区域的分布相对于成绩单特征（外显子，内含子，5'/3'UTR区域，外显子内边界，启动子区域）产生深入的注释摘要和覆盖率概况。此外，RCA可以进行功能丰富分析和歧视性主题发现。

作者：Bora Uyar [AUT，CRE]，Dilmurat Yusuf [aut]，Ricardo Wurmus [aut]，Altuna Akalin [aut]

维护者：bora uyar

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rcas”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rcas”）

html	R脚本	如何对多个样品进行荟萃分析
html	R脚本	简介 - 单样品分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，去，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，基因数，，，，图案，，，，主题，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（4年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.3.0），情节（> = 4.5.2），DT（> = 0.2），Data.Table
进口	基因组机，，，，iranges，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，GenomeInfodB（> = 1.12.0），生物弦，，，，rtracklayer，，，，GenomicFeatures，，，，rmarkDown（> = 0.9.5），基因组化（> = 1.5.5），尼特（> = 1.12.3），生物基因，，，，S4VECTORS，，，，plotrix，，，，pbapply，，，，rsqlite，，，，代理人，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，牛仔图，，，，ggseqlogo，utils，游侠，，，，Gprofiler2
链接
建议	测试，，，，COVR
系统要求	Pandoc（> = 1.12.3）
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rcas_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	rcas_1.14.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	rcas_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcas
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcas
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcas/
软件包下载报告	下载统计