QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见QuasR．

在R中量化和注释短读

Bioconductor版本:3.11

这个包为短读的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程，从原始序列读取，比对和质量控制图的创建，到感兴趣的基因组区域的量化。

作者:Anita Lerch, Charlotte Soneson, Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("QuasR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“QuasR”)

超文本标记语言	R脚本	类星体简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，ImmunoOncology，MethylSeq，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 4.0)，平行，GenomicRanges，Rbowtie
进口	方法，grDevices，图形，utils，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，BiocManager，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools，GenomicFeatures，ShortRead，GenomicAlignments，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles，Rhisat2，AnnotationDbi
链接	Rhtslib
建议	Gviz，BiocStyle，knitr，rmarkdown，covr，testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	eisaR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	QuasR_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.28.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	QuasR_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QuasR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
软件包下载报告	下载数据