PathwaySplice

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathwaySplice

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PathwaySplice。

R无偏拼接方案的路径分析

Bioconductor版本:3.11

通路分析可变剪接的偏见而不占不同数量的外显子与基因有关,因为更多的外显子基因更有可能包括在重要的可变剪接基因列表中。PathwaySplice R包:(1)执行路径分析,明确调整每个基因外显子的数量与(2)可视化选择性偏差由于不同数量的每个基因外显子(3)正式使用逻辑回归测试存在偏差(4)支持基因集基于基因本体术语,以及更广泛的基因集定义(例如MSigDB)或用户定义的基因集(5)标识的重要基因驱动路径意义(6)组织重大途径浓缩地图,在通路与大量的重叠基因组合在一起在一个网络图

作者:王爱民燕,Xi,莉莉

爱民燕维护者:< aimin.at。在gmail.com工作>

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PathwaySplice”)

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文档

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HTML	R脚本	PathwaySplice
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细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,去,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,回归,测序,软件,可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(3年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	goseq,Biobase,剂量,reshape2,igraph,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,BiocGenerics,AnnotationDbi,JunctionSeq,BiasedUrn,GO.db,gdata,geneLenDataBasegrDevices图形,统计,跑龙套,维恩图,RColorBrewer,ensembldb,AnnotationHub,S4Vectors,dplyr,情节,webshot,htmlwidgets,mgcv,gridExtra、网格gplots,宠物猫,EnrichmentBrowser,注释,KEGGREST
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建议	testthat,knitr,rmarkdown
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包档案

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源包	PathwaySplice_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	PathwaySplice_1.11.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathwaySplice
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PathwaySplice
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathwaySplice/
包下载报告	下载数据