PathNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathNet

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PathNet。

利用拓扑信息R包路径分析

Bioconductor版本:3.11

PathNet使用拓扑信息出现在通路和微分的基因表达水平(从微阵列实验获得)来识别途径,1)大大丰富和2)相互关联的微分表达式。中描述的算法:PathNet:使用拓扑信息通路分析的工具。Dutta B, Wallqvist, Reifman j .源代码生物学和医学2012年9月24日,7 (1):10。

作者:Bhaskar Dutta < Bhaskar。dutta gmail.com >,安德斯Wallqvist < awallqvist bhsai.org >,和杰奎斯Reifman < jreifman bhsai.org >

维护人员:路德维希Geistlinger <路德维希。在sph.cuny.edu Geistlinger >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PathNet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PathNet”)

PDF	R脚本	PathNet
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,KEGG,MultipleComparison,网络,NetworkEnrichment,通路,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口
链接
建议	PathNetData,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PathNet_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	PathNet_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	PathNet_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathNet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PathNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathNet/
包下载报告	下载数据