PGA
doi：10.18129/b9.bioc.pga
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅PGA。
通过从RNA-Seq衍生的定制数据库来识别新肽的软件包
生物导体版本：3.11
该软件包提供了基于/不带基因组指导的RNA-SEQ数据来构建定制蛋白质数据库的功能，数据库搜索，后处理和报告生成。这种自定义的蛋白质数据库既包括参考数据库（例如RefSeq或Ensembl）和新型肽序列，形成了RNA-Seq数据。
作者：Shaohang Xu，Bo Wen
维护者：bo wen
引用（从r内，输入引用（“ PGA”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pga”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ PGA”）
| R脚本 | PGA教程 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 免疫学，，，，质谱，，，，蛋白质组学，，，，rnaseq，，，，报告写作，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.18.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），iranges，，，，基因组机，，，，生物弦（> = 2.26.3），Data.Table，，，，rtandem |
| 进口 | S4VECTORS（> = 0.9.25），rsamtools（> = 1.10.2），GenomicFeatures（> = 1.19.8），Biomart（> = 2.17.1），Stringr，，，，rcurl，，，，喷嘴.r1，，，，变体（> = 1.7.28），rtracklayer，，，，rsqlite，，，，GGPLOT2，，，，AnnotationDbi，，，，CustomProdb（> = 1.21.5），pheatmap，，，，dplyr，，，，processx，，，，readr，，，，seqinr |
| 链接 | |
| 建议 | rmariaDB，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行，，，，生物基因，，，，生物使用，，，，尼特，，，，r.utils |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | pga_1.18.1.tar.gz |
| Windows二进制 | pga_1.18.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | pga_1.18.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pga |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/pga |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/pga/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
