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过去的
DOI:10.18129 / B9.bioc.PAST
此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见过去的．
路径关联研究工具(PAST)
Bioconductor版本:3.11
PAST获取GWAS输出并将snp分配给基因，使用这些基因寻找与基因相关的通路，并根据显著性绘制通路。实现了读取GWAS输入数据、寻找与snp相关的基因、计算富集分数和通路显著性以及绘制通路的方法。
作者:Thrash Adam [cre, aut]， DeOrnellis Mason [aut]
维护者:Thrash Adam < Thrash at igbb.msstate.edu>
引文(从R内，输入引用(“过去”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PAST")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“过去”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 过去的 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GeneSetEnrichment，通路，软件 |
| 版本 | 3 |
| 在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(1.5年) |
| 许可证 | GPL(>=3) +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | 属性,跑龙套,dplyr，rlang，迭代器平行,foreach，doParallel，qvalue，rtracklayer，ggplot2，GenomicRanges，S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/IGBB/past |
| BugReports | https://github.com/IGBB/past/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | PAST_1.4.3.tar.gz |
| Windows二进制 | PAST_1.4.3.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | PAST_1.4.3.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PAST |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PAST |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PAST/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
