NanoStringQCPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见NanoStringQCPro

NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法

Bioconductor版本:3.11

NanoStringQCPro提供了一套质量指标,可用于评估NanoString mRNA基因表达数据的质量,即识别异常值探针和异常值样本。它还为这些数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出标记样本/探测的建议和易于共享的html质量控制输出。

作者:Dorothee Nickles < Nickles。dorothee at gene.com>, Thomas Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com>,罗伯特齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com>,Richard Bourgon

维护者:Robert Ziman < Ziman。罗伯特在gene.com>

引文(从R内,输入引用(“NanoStringQCPro”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("NanoStringQCPro")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“NanoStringQCPro”)

PDF vignetteNanoStringQCPro.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 微阵列归一化预处理质量控制ReportWriting软件mRNAMicroarray
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.2),方法
进口 AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7)
链接
建议 roxygen2(> = 4.0.1),testthatBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 NanoStringQCPro_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 NanoStringQCPro_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) NanoStringQCPro_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoStringQCPro
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoStringQCPro/
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