MatrixRider

DOI:10.18129 / B9.bioc.MatrixRider

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MatrixRider．

获得给定序列上结合位点矩阵的总亲和度和占用率

Bioconductor版本:3.11

计算整个序列的单个数字，反映DNA结合蛋白与其相互作用的倾向。DNA结合蛋白必须用PFM矩阵来描述，例如从Jaspar得到的PFM矩阵。

作者:Elena Grassi

维护者:Elena Grassi < Grassi。E在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MatrixRider")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MatrixRider”)

PDF	R脚本	完全的亲和和占有
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，MotifAnnotation，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.1.2)
进口	方法,TFBSTools，IRanges，XVector，Biostrings
链接	IRanges，XVector，Biostrings，S4Vectors
建议	RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，JASPAR2014
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MatrixRider_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	MatrixRider_1.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	MatrixRider_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MatrixRider
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MatrixRider
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MatrixRider/
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