Migsa

doi:10.18129/b9.bioc.migsa

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅Migsa

大规模和综合基因集分析

生物导体版本:3.11

大规模和综合基因集分析。MIGSA软件包允许对几个表达和基因集进行大规模综合基因集分析。它提供了一个常见的基因表达分析框架,该框架授予了全面和连贯的分析。仅需要一个最小的用户参数设置才能通过最佳可用方法(即Denricher和MGSZ)以整合方式进行单数和基因集富集分析。该大型OMIC数据工具的最大优势是可以探索,分析和可视化其结果的几种功能,以便在大量信息源上促进数据挖掘任务。MIGSA软件包还提供了几个功能,可以轻松加载来自几个存储库中最新的基因集。

作者:Juan C. Rodriguez,Cristobal Fresno,Andrea S. Llera和Elmer A. Fernandez

维护者:Juan C. Rodriguez

引用(从r内,输入引用(“ Migsa”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ migsa”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Migsa”)

PDF R脚本 获取PBCMC数据集
PDF R脚本 获取TCGA数据集
PDF R脚本 大规模和综合基因集分析
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基因表达,,,,基因烯,,,,kegg,,,,微阵列,,,,rnaseq,,,,软件,,,,可视化
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(3。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 R(> = 3.4),方法,生物基因
进口 AnnotationDbi,,,,生物酶,,,,生物比较,编译器,Data.Table,,,,EDGER,,,,徒劳,,,,ggdendro,,,,GGPLOT2,,,,go.db,,,,gostats,,,,图形,图形,grdevices,网格,gseabase,,,,ISMEV,,,,林玛,,,,矩阵,,,,org.hs.eg.db,,,,rbgl,,,,RESHAPE2,,,,rgraphviz,,,,rjsonio,统计,utils,素食主义者
链接
建议 生物使用,,,,乳腺癌,,,,乳腺癌,,,,乳腺癌,,,,乳腺癌,,,,乳腺癌,,,,乳腺癌,,,,尼特,,,,mgsz,,,,Migsadata
系统要求
增强
URL https://jcrodriguez.rbind.io/
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 migsa_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 migsa_1.12.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) migsa_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/migsa
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/migsa
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/migsa/
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