桅杆

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见桅杆．

基于模型的单细胞转录组学分析

Bioconductor版本:3.11

处理零膨胀单细胞分析数据的方法和模型。

作者:Andrew McDavid [aut, cre]， Greg Finak [aut]， Masanao Yajima [aut]

维护者:Andrew McDavid

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MAST")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“桅杆”)

超文本标记语言	R脚本	桅杆简介
超文本标记语言	R脚本	MAST和singlecelexperimental -derived包之间的互操作性
超文本标记语言	R脚本	利用MAST对MAIT细胞进行筛选、差异表达和基因集富集
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，RNASeq，SingleCell，软件，转录组
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment(>= 1.2.0)， r (>= 3.5)
进口	Biobase，BiocGenerics，S4Vectors，data.table，ggplot2，plyr，stringr，abind，方法，并行，reshape2， stats, stats4，图形，utils，SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，lme4(> = 1.0),blme，roxygen2(0 >),numDeriv，车，gdata，晶格，GGally，GSEABase，NMF，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，rsvd，limma，RColorBrewer，BiocStyle，嘘，DelayedArray，矩阵，HDF5Array，zinbwave，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports	https://github.com/RGLab/MAST/issues
全靠我
进口我	celaref，celda，singleCellTK
建议我	clusterExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MAST_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	MAST_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MAST_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/
软件包下载报告	下载数据