M3Drop

DOI:10.18129 / B9.bioc.M3Drop

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见M3Drop．

单细胞RNASeq中dropout的michaellis - menten模型

Bioconductor版本:3.11

这个包适合一个michaellis - menten模型在单细胞RNASeq数据的退出模式。该模型被用作null来识别显著变量(即差异表达)基因，用于下游分析，如聚类细胞。

作者:Tallulah Andrews

维护人员:Tallulah Andrews

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("M3Drop")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“M3Drop”)

PDF	R脚本	M3Drop介绍
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，DimensionReduction，FeatureExtraction，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.4)，numDeriv
进口	RColorBrewer，gplots，bbmle，statmod， grDevices，图形，统计，matrixStats，矩阵，irlba，reldist，Hmisc、方法
链接
建议	ROCR，knitr，M3DExampleData，嘘，SingleCellExperiment，单片眼镜，修拉，Biobase
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tallulandrews/M3Drop
BugReports	https://github.com/tallulandrews/M3Drop/issues
全靠我
进口我	scMerge
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	M3Drop_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	M3Drop_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	M3Drop_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/M3Drop
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/M3Drop
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/M3Drop/
软件包下载报告	下载数据