JunctionSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.JunctionSeq

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见JunctionSeq

JunctionSeq:用于检测RNA-Seq数据中的差异外显子和剪接结使用的实用程序

Bioconductor版本:3.11

RNA-Seq数据中差分外显子或剪接结使用的检测和可视化实用程序。

作者:Stephen Hartley [aut, cre](博士),Simon Anders [cph], Alejandro Reyes [cph]

维护者:Stephen Hartley

引文(从R内,输入引用(“JunctionSeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“JunctionSeq”)

PDF JunctionSeq装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件
版本 1.17.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R(>= 3.2.2),方法,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rcpp(> = 0.11.0)它,RcppArmadillo(> = 0.3.4.4)
进口 DESeq2(> = 1.10.0),statmodHmiscplotrixstringrBiobase(> = 2.30.0),locfitBiocGenerics(> = 0.7.5),BiocParallelgenefiltergeneplotterS4VectorsIRangesGenomicRanges
链接 RcppRcppArmadillo
建议 质量knitrJctSeqDataBiocStyle
SystemRequirements
增强了 开罗pryr
URL http://hartleys.github.io/JunctionSeq/index.html
BugReports https://github.com/hartleys/JunctionSeq/issues
全靠我
进口我 PathwaySplice
建议我 JctSeqDatasnapcount
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 JunctionSeq_1.17.0.tar.gz
Windows二进制 JunctionSeq_1.17.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/JunctionSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/JunctionSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/JunctionSeq/
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