同工型间分析仪

doi：10.18129/b9.bioc.isoformswitchanalyzer

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅同工型间分析仪。

识别，注释和可视化替代剪接和同工型开关，并带有短读和长读RNA-seq数据的功能后果。

生物导体版本：3.11

同工型间分析仪可以通过诸如Kallisto，Salmon，Cufflinks/Cuffdiff，RSEM，RSEM，RSEM等的工具来识别和分析具有预测功能后果的替代剪接和同工型开关（例如，蛋白质结构域等的增益/丢失）。

作者：Kristoffer Vitting-seerup

维护者：kristoffer vitting-seerup

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ isoformswitchanalyzer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Isoformswitchanalyzer”）

html	R脚本	同工型间分析仪
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，注解，，，，批处理效应，，，，生物医学信息学，，，，DataImport，，，，差异性，，，，差速器，，，，功能基因组学，，，，功能性预测，，，，基因表达，，，，遗传，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，rnaseq，，，，软件，，，，统计信息，，，，系统生物学，，，，转录，，，，转录组变量，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5），林玛，，，，dexseq，，，，GGPLOT2
进口	方法，BSGENOME，，，，plyr，，，，RESHAPE2，，，，栅格，，，，生物弦（> = 2.50.0），iranges，，，，基因组机，，，，Drimseq，，，，rcolorbrewer，，，，rtracklayer，，，，Venndiagram，，，，DBI，grdevices，图形，统计，utils，GenomeInfodB， 网格，tximport（> = 1.7.1），EDGER，，，，徒劳，，，，Stringr，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，readr，，，，xvector
链接
建议	尼特，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，腹带
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/
BugReports	https://github.com/kvittingseerup/isoformswitchanalyzer/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Isoformswitchanalyzer_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	Isoformswitchanalyzer_1.10.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Isoformswitchanalyzer_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isoformswitchanalyzer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/isoformswitchanalyzer
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/
软件包下载报告	下载统计