此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见IntramiRExploreR.
Bioconductor版本:3.11
Intra-miR-ExploreR是一种综合miRNA靶标预测生物信息学工具,结合给定microRNA (miR)的表达和生物物理相互作用来识别靶标。使用该工具,我们利用来自Affymetrix 1和Affymetrix2微阵列阵列平台的可用微阵列表达数据,在D. melanogaster中鉴定了92个基因内miR靶点,为果蝇基因内miR靶点提供了一个全局视角。使用DAVID基因本体工具根据生物功能对预测目标进行分组,并基于生物相关评分系统进行排名,使用户能够识别给定miR的功能相关目标。
作者:Surajit Bhattacharya和Daniel Cox
维护者:Surajit Bhattacharya
引文(从R内,输入引用(“IntramiRExploreR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“IntramiRExploreR”)
超文本标记语言 | R脚本 | IntramiRExploreR |
参考手册 |
biocViews | GeneExpression,GenePrediction,GeneTarget,微阵列,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 3.4) |
进口 | igraph(> = 1.0.1),FGNet(> = 3.0.7),knitr(>= 1.12.3), stats, utils, grDevices,图形 |
链接 | |
建议 | RDAVIDWebService,gProfileR,topGO,KEGGprofile,org.Dm.eg.db,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/sbhattacharya3/IntramiRExploreR/ |
BugReports | https://github.com/sbhattacharya3/IntramiRExploreR/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | IntramiRExploreR_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | IntramiRExploreR_1.10.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | IntramiRExploreR_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntramiRExploreR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IntramiRExploreR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/IntramiRExploreR/ |
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