ImpulseDE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE2

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ImpulseDE2。

微分表达式分析纵向数据集

Bioconductor版本:3.11

ImpulseDE2是纵向的微分表达式的算法计算数据集这在测序实验中出现的如RNA-seq ChIP-seq, ATAC-seq DNaseI-seq。ImpulseDE2基于负二项噪声模型与分散趋势由DESeq2平滑,使用脉冲模型约束意味着每个基因的表达轨迹。脉冲模型实证发现适合全球表达变化在细胞环境和发展适当的刺激,因此在大多数细胞生物场景。意思上的约束表达式可以防止过度拟合轨迹波动小表达式。其次,ImpulseDE2统计测试功率高于广义线性模型微分表达式的算法,适合时间范围的变量如果超过6点采样,因为固定数量的参数。

作者:大卫·费舍尔(aut (cre),费边书J[所有],Nir Yosef(施)

维护人员:大卫·菲舍尔S <大卫。费舍尔在helmholtz-muenchen.de >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ImpulseDE2”)

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细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,软件,StatisticalMethod,TimeCourse
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase,BiocParallel,ComplexHeatmap,circlize编译器,cowplot,DESeq2,ggplot2grDevices,knitr,矩阵、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
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增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE2/issues
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包档案

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源包	ImpulseDE2_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	ImpulseDE2_1.11.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ImpulseDE2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ImpulseDE2/
包下载报告	下载数据