IgGeneUsage

DOI:10.18129 / B9.bioc.IgGeneUsage

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IgGeneUsage。

微分在免疫基因的使用体验

Bioconductor版本:3.11

解码免疫体验的特性是关键在理解适应性免疫反应的病毒感染等挑战。免疫曲目分析中的一个重要的任务是检测生物之间的偏见在搞笑基因使用条件。IgGeneUsage是一个计算工具分析的微分在免疫基因的使用体验。它使用贝叶斯分层模型以适应复杂基因使用数据从免疫曲目测序实验和量化搞笑基因使用偏差概率。

作者:单Kitanovski (aut (cre)

维护人员:单Kitanovski <极点。在uni-due.de kitanovski >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“IgGeneUsage”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“IgGeneUsage”)

HTML	R脚本	用户手册:IgGeneUsage
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,DifferentialExpression,遗传学,回归,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1年)
许可证	文件许可证
取决于	方法、R (> = 3.6.0)Rcpp(> = 0.12.0),SummarizedExperiment,StanHeaders(> 2.18.1)
进口	rstan(> = 2.19.2),reshape2(> = 3)
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,ggplot2,ggforce,gridExtra,ggrepel
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/snaketron/IgGeneUsage/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IgGeneUsage_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	IgGeneUsage_1.2.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	IgGeneUsage_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IgGeneUsage
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IgGeneUsage
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IgGeneUsage/
包下载报告	下载数据