Gviz
DOI:
10.18129 / B9.bioc.Gviz
此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见Gviz.
沿着基因组坐标绘制数据和注释信息
Bioconductor版本:3.11
基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询,并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。
作者:Florian Hahne [aut], Steffen Durinck [aut], Robert Ivanek [aut, cre]、Arne Mueller [aut]、Steve Lianoglou [aut]、Ge Tan [aut]、Lance Parsons [aut]、Shraddha Pai [aut]、Thomas McCarthy [ctb]、Felix Ernst [ctb]
维护者:Robert Ivanek < Robert。Ivanek在unibase .ch>
安装
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“Gviz”)
细节
biocViews |
微阵列,测序,软件,可视化 |
版本 |
1.32.0 |
在Bioconductor |
BioC 2.10 (R-2.15)(8.5年) |
许可证 |
艺术- 2.0 |
取决于 |
R(>= 4.0),方法,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.18),GenomicRanges(>= 1.17.20),网格 |
进口 |
XVector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),晶格,RColorBrewer,biomaRt(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),ensembldb(> = 14),BSgenome(> = 1.33.1),Biostrings(> = 2.33.11),biovizBase(> = 1.13.8),Rsamtools(> = 1.17.28),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),BiocGenerics(> = 0.11.3),消化(>= 0.6.8),图形,grDevices, stats, utils |
链接 |
|
建议 |
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements |
|
增强了 |
|
URL |
https://github.com/ivanek/Gviz |
BugReports |
https://github.com/ivanek/Gviz/issues |
全靠我 |
biomvRCNS,chimeraviz,西塞罗,彗星,腰带,DMRforPairs,methylationArrayAnalysis,Pviz,rnaseqGene |
进口我 |
AllelicImbalance,阿尔卑斯山脉,ASpediaFI,ASpli,CAGEfightR,DMRcate,DMRcatedata,埃尔默,GeneStructureTools,GenomicInteractions,GGtools,InPAS,微波激射器,mCSEA,餐,methyAnalysis,methylPipe,motifbreakR,π,平,primirTSS,regutools,RNAmodR,RNAmodR。AlkAnilineSeq,RNAmodR。RiboMethSeq,分裂,srnadiff,斯坦,trackViewer,TVTB,VariantFiltering |
建议我 |
annmap,CAGEWorkflow,cellbaseR,chipseqDB,cn,CNVRanger,csawUsersGuide,位深蓝,ensembldb,GenomicRanges,gwascat,interactiveDisplay,InterMineR,pqsfinder,QuasR,RnBeads,Single.mTEC.Transcriptomes,SplicingGraphs,TFutils,TxRegInfra |
链接到我 |
|
构建报告 |
|
包档案
遵循bob 体育网址
在R会话中使用此包的说明。