GenomicAlignments
DOI:
10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicAlignments。
表示和操纵短基因组比对
Bioconductor版本:3.11
提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常是通过调整短期读取参考基因组)。这包括读计数,计算覆盖率,结检测和处理核苷酸比对的内容。
作者:Herve页,瓦莱丽•Obenchain马丁摩根
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicAlignments”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicAlignments”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicAlignments”)
细节
| biocViews |
对齐,报道,DataImport,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件 |
| 版本 |
1.24.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.14 (r - 3.1)(6.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.25.14),IRanges(> = 2.21.6),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.39.3),SummarizedExperiment(> = 1.9.13),Biostrings(> = 2.55.7),Rsamtools(> = 1.31.2) |
| 进口 |
方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel |
| 链接 |
S4Vectors,IRanges |
| 建议 |
ShortRead,rtracklayer,BSgenome,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq2,刨边机,RUnit,BiocStyle |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
AllelicImbalance,alpineData,Basic4Cseq,BasicSTARRseq,嵌合体,ChIPexoQual,groHMM,HelloRanges,hiReadsProcessor,igvR,MTseeker,ORFik,prebs,收回,RIPSeeker,rnaSeqMap,测序,ShortRead,SplicingGraphs |
| 进口我 |
高山,AneuFinder,APAlyzer,ASpediaFI,ASpli,ATACseqQC,BaalChIP,biovizBase,breakpointR,BRGenomics,CAGEfightR,篮球选手,chimeraviz,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chromstaR,cn,consensusDE,contiBAIT,文案,CoverageView,CrispRVariants,CSSQ,customProDB,DAMEfinder,derfinder,DEScan2,DiffBind,easyRNASeq,exomePeak2,FourCSeq,弗雷泽,FunChIP,gcapc,GenoGAM,genomation,GenomicFiles,ggbio,gmapR,gmoviz,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,感兴趣,leeBamViews,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,metagene2,metaseqR2,methylPipe,马赛克,msgbsR,NADfinder,图片,plyranges,婴儿车,QuasR,ramwas,Rcade,Repitools,RiboProfiling,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,RNAprobR,咆哮,Rqc,rtracklayer,颈背,seqplots,seqsetvis,SGSeq,soGGi,SplicingGraphs,分裂,srnadiff,strandCheckR,TAPseq,TarSeqQC,TCseq,trackViewer,transcriptR,TSRchitect,Ularcirc,vasp |
| 建议我 |
alpineData,amplican,BiocParallel,csaw,计,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,parathyroidSE,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Rsamtools,similaRpeak,拖缆,systemPipeR |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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