此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见《创世纪》.
Bioconductor版本:3.11
GENESIS软件包为遗传分析中的种群和谱系结构的估计、推断和核算提供了方法。当前实现提供了执行PC-AiR (Conomos等人,2015年,Gen Epi)和PC-Relate (Conomos等人,2016年,AJHG)的功能。PC-AiR对全基因组SNP数据进行主成分分析,以检测样本中可能包含已知或隐藏的亲缘关系的种群结构。与标准PCA不同,PC-AiR考虑了样本中的相关性,以提供不受家族结构干扰的准确祖先推断。PC-Relate使用祖先代表主成分来调整群体结构/祖先,并准确估计近期遗传亲缘关系的度量,如亲属关系系数、IBD共享概率和近交系系数。此外,功能提供执行有效的方差成分估计和混合模型关联检验定量和二元表型。
作者:Matthew P. Conomos, Stephanie M. Gogarten, Lisa Brown, Han Chen, Thomas Lumley, Ken Rice, Tamar Sofer, Timothy Thornton, Yu Chaoyu
维护者:Stephanie M. Gogarten
引用(从R中,输入引用(“创世纪”)
):
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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
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要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“创世纪”)
超文本标记语言 | R脚本 | 使用GENESIS包分析序列数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 使用GENESIS包进行遗传关联检测 |
超文本标记语言 | R脚本 | 使用GENESIS包的种群结构和亲缘性推断 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiocViews,DimensionReduction,GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,PrincipalComponent,质量控制,单核苷酸多态性,软件,StatisticalMethod |
版本 | 2.18.0 |
在Bioconductor公司 | BioC 3.1 (R-3.2)(5.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | |
进口 | Biobase,BiocGenerics,GWASTools,gdsfmt,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SeqArray,SeqVarTools,SNPRelate,data.table,dplyr,foreach,图形,grDevices,igraph,矩阵、方法、reshape2,统计,效用 |
链接 | |
建议 | CompQuadForm,poibin,接二连三,调查,testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,GWASdata,ggplot2,GGally,RColorBrewer,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/UW-GAC/GENESIS |
全靠我 | |
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建议我 | |
给我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | GENESIS_2.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | GENESIS_2.18.0.zip(32- & 64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | GENESIS_2.18.0.tgz |
源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/GENESIS |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GENESIS |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GENESIS/ |
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