GA4GHclient

DOI:10.18129 / B9.bioc.GA4GHclient

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GA4GHclient。

Bioconductor包访问GA4GH API数据服务器

Bioconductor版本:3.11

GA4GHclient提供了一种简便的方法来访问公共数据服务器通过基因组学和全球联盟卫生(GA4GH)基因组的API。它提供了低级访问GA4GH API和响应数据转换为Bioconductor-based类对象。

作者:Welliton Souza (aut (cre) Benilton卡瓦略(施),克莉斯婷罗查(施)

维护人员:Welliton Souza < well309 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GA4GHclient”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GA4GHclient”)

HTML	R脚本	GA4GHclient
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,软件,ThirdPartyClient
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	S4Vectors
进口	BiocGenerics,Biostrings,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,httr,IRanges,jsonlite、方法、VariantAnnotation
链接
建议	AnnotationDbi,BiocStyle,DT,knitr,org.Hs.eg.db,rmarkdown,testthat,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/labbcb/GA4GHclient
BugReports	https://github.com/labbcb/GA4GHclient/issues
取决于我	GA4GHshiny
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GA4GHclient_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GA4GHclient_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GA4GHclient_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GA4GHclient
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GA4GHclient
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GA4GHclient/
包下载报告	下载数据