FunChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.FunChIP

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FunChIP。

集群和对齐的ChIP-Seq山峰根据他们的形状

Bioconductor版本:3.11

预处理和平滑ChIP-Seq高峰和k-mean对齐算法的高效实现分类。

作者:爱丽丝Parodi (aut (cre),马可Morelli (aut (cre),劳拉·m·Sangalli (aut) Piercesare西奇(aut),西蒙Vantini (aut)

维护人员:爱丽丝Parodi < alicecarla。在polimi.it parodi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FunChIP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FunChIP”)

PDF	R脚本	介绍FunChIP
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,聚类,软件,StatisticalMethod
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2),GenomicRanges
进口	闪亮的,食品及药物管理局,doParallel,GenomicAlignments,Rcpp、方法、foreach平行,GenomeInfoDb,RsamtoolsgrDevices,图形,统计数据,RColorBrewer
链接	Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FunChIP_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	FunChIP_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	FunChIP_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FunChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FunChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FunChIP/
包下载报告	下载数据