FourCSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.FourCSeq

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FourCSeq。

包分析4 c测序数据

Bioconductor版本:3.11

FourCSeq R包致力于(多路)4 c测序数据的分析。包提供了一个管道检测特定的DNA元素之间的相互作用和识别微分条件之间的相互作用。R始于个人bam的统计分析每个样本作为输入文件。为了获得这些文件,包包含一个python脚本(extdata / python / demultiplex.py)分工库和修剪引物序列。与标准的校准软件所需的bam文件可以生成。

作者:费利克斯·a·克莱因(aut),迈克·史密斯(cre)

维护人员:迈克史密斯<迈克。史密斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FourCSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FourCSeq”)

PDF	R脚本	FourCSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理,测序,软件
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(6年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 3.0),样条函数,迷幻药,DESeq2(> = 1.9.11),ggplot2
进口	Biobase,Biostrings,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,ggbio,reshape2,rtracklayer,食品及药物管理局,GenomicAlignments,gtools,矩阵、方法
链接
建议	BiocStyle,knitr,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FourCSeq_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	FourCSeq_1.22.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	FourCSeq_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FourCSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FourCSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FourCSeq/
包下载报告	下载数据