Findmyfriends

doi：10.18129/b9.bioc.findmyfriends

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Findmyfriends。

R中的微生物比较基因组学

生物导体版本：3.11

在R中进行微生物比较基因组学的框架。包装的主要目的是有助于创建Pangenome矩阵，其中相关生物体的基因通过相似性分组，以及对这些数据的分析。Findmyfriends提供了许多进行pangenome分析的新方法，并支持一种线性缩放的基因分组算法，从而使巨大的pangenomes的创建可行。

作者：托马斯·林·佩德森

维护者：thomas lin pedersen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ findmyfriends”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Findmyfriends”）

html	R脚本	使用FindmyFriends创建pangenomes
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，比较基因组学，，，，datarepresentation，，，，基因组变量，，，，GraphandNetwork，，，，测序，，，，软件
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（5年）
执照	GPL（> = 2）
要看
进口	方法，生物基因，，，，生物酶， 工具，dplyr，，，，iranges，，，，生物弦，，，，S4VECTORS，，，，烤肉串，，，，Igraph，，，，矩阵，，，，消化，，，，filehash，，，，RCPP，，，，GGPLOT2，，，，gtable， 网格，RESHAPE2，，，，ggdendro，，，，生物比较，utils，统计
链接	RCPP
建议	生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，reutils
系统要求
增强
URL	https://github.com/thomasp85/findmyfriends
BugReports	https://github.com/thomasp85/findmyfriends/issues
取决于我
进口我	Panvizgenerator
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	findmyfriends_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	findmyfriends_1.18.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	findmyfriends_1.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/findmyfriends
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/findmyfriends
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/findmyfriends/
软件包下载报告	下载统计