这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FastqCleaner。
Bioconductor版本:3.11
交互式web应用程序的质量控制、过滤和修剪FASTQ文件。这个用户友好工具结合的管道数据处理基于Biostrings和ShortRead基础设施、先进的视觉环境。Single-Read和Paired-End文件可以在本地处理。诊断互动情节(CG内容,每个基站序列质量等)提供的输入和输出文件。
作者:莱安德罗拱形门(aut (cre) Fernan阿奎罗(aut),丹尼尔·桑切斯(aut)
维护人员:莱安德罗拱形门< learoser gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“FastqCleaner”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FastqCleaner”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“FastqCleaner”)
R脚本 | 介绍FastqCleaner | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 质量控制,SangerSeq,SequenceMatching,测序,软件 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | |
进口 | 方法,闪亮的统计数据,IRanges,Biostrings,ShortRead,DT,S4Vectors、图形、htmltools,shinyBS,Rcpp(> = 0.12.12) |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | FastqCleaner_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | FastqCleaner_1.6.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | FastqCleaner_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FastqCleaner |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FastqCleaner |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FastqCleaner/ |
包下载报告 | 下载数据 |