FastqCleaner

DOI:10.18129 / B9.bioc.FastqCleaner

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FastqCleaner

闪亮的申请质量控制、过滤和修剪FASTQ文件

Bioconductor版本:3.11

交互式web应用程序的质量控制、过滤和修剪FASTQ文件。这个用户友好工具结合的管道数据处理基于Biostrings和ShortRead基础设施、先进的视觉环境。Single-Read和Paired-End文件可以在本地处理。诊断互动情节(CG内容,每个基站序列质量等)提供的输入和输出文件。

作者:莱安德罗拱形门(aut (cre) Fernan阿奎罗(aut),丹尼尔·桑切斯(aut)

维护人员:莱安德罗拱形门< learoser gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“FastqCleaner”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FastqCleaner”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FastqCleaner”)

PDF R脚本 介绍FastqCleaner
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 质量控制,SangerSeq,SequenceMatching,测序,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口 方法,闪亮的统计数据,IRanges,Biostrings,ShortRead,DT,S4Vectors、图形、htmltools,shinyBS,Rcpp(> = 0.12.12)
链接 Rcpp
建议 BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 FastqCleaner_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 FastqCleaner_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) FastqCleaner_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FastqCleaner
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FastqCleaner
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FastqCleaner/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网