EventPointer

DOI:10.18129 / B9.bioc.EventPointer

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见EventPointer

使用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件

Bioconductor版本:3.11

EventPointer是一个R包,用于识别涉及简单(病例控制实验)或复杂实验设计(如时间过程实验和包括配对样本的研究)的可选剪接事件。该算法可用于分析来自结阵列(Affymetrix阵列)或测序数据(RNA-Seq)的数据。该软件返回一个数据框架,其中包含检测到的可选剪接事件:基因名称,事件类型(盒式,可选3',…等),基因组位置,统计显著性和所有事件的百分比剪接增量(Delta PSI)。该算法可以生成一系列文件来可视化IGV中检测到的可选剪接事件。这简化了结果的解释和标准PCR验证引物的设计。

作者:Juan Pablo Romero, Juan A. Ferrer-Bonsoms, Pablo Sacristan, Ander Muniategui, Fernando Carazo, Ander Aramburu, Angel Rubio

维护者:Juan Pablo Romero

引文(从R内,输入引用(“EventPointer”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("EventPointer")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“EventPointer”)

超文本标记语言 R脚本 EventPointer
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicingDifferentialSplicingImmunoOncologyRNASeq测序软件TimeCourse转录mRNAMicroarray
版本 2.6.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0),SGSeq矩阵SummarizedExperiment
进口 GenomicFeaturesstringrGenomeInfoDbigraph质量nnlslimmamatrixStatsRBGLprodlim,方法,utils,统计,doParallelforeachaffxparserGenomicRangesS4VectorsIRangesqvalue玉米穗轴rhdf5BSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38Biostrings
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyleRUnitBiocGenericsdplyrkableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 EventPointer_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 EventPointer_2.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) EventPointer_2.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EventPointer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EventPointer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/EventPointer/
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