DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DiffBind。

微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析

Bioconductor版本:3.11

计算不同绑定网站从多个ChIP-seq实验使用亲和力(定量)数据。还使入住率(重叠)分析和绘图功能。

作者:罗里鲜明的<罗里。在cruk.cam.ac鲜明。英国>,布朗Gord < gdbzork gmail.com >

维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DiffBind”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DiffBind”)

PDF	R脚本	DiffBind:微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,测序,软件
版本	2.16.2
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口	RColorBrewer,北极监测和评估方案,刨边机,gplotsgrDevices,limma,GenomicAlignments,locfit,统计,跑龙套,IRanges,晶格,systemPipeR、工具、Rcpp,dplyr,ggplot2,BiocParallel平行,S4Vectors,Rsamtools(> = 1.99.1),DESeq2、方法、图形ggrepel
链接	Rhtslib(> = 1.15.3),Rcpp
建议	DESeq,BiocStyle,testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了	rgl,XLConnect
URL
取决于我	ChIPQC,火神
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DiffBind_2.16.2.tar.gz
Windows二进制	DiffBind_2.16.2.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	DiffBind_2.16.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DiffBind
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DiffBind/
包下载报告	下载数据