剂量

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见剂量．

疾病本体语义与丰富分析

Bioconductor版本:3.11

该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析，用于发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:余广创[aut, cre]，王立根[ctb]， Vladislav Petyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]，胡尔强[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DOSE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“剂量”)

超文本标记语言	R脚本	01 DOSE语义相似度分析
超文本标记语言	R脚本	剂量
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文本		新闻

细节

biocViews	注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，软件，可视化
版本	3.14.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，BiocParallel，DO.db，fgsea，ggplot2，GOSemSim(>= 2.0.0)，qvalue，reshape2，统计，效用
链接
建议	prettydoc，clusterProfiler，knitr，org.Hs.eg.db，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
全靠我
进口我	bioCancer，clusterProfiler，debrowser，eegc，enrichplot，GDCRNATools，林肯，MAGeCKFlute，网格，miRspongeR，MoonlightR，PathwaySplice，ReactomePA，RNASeqR，scTensor，signatureSearch
建议我	可乐，GOSemSim，rrvgo，scGPS
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DOSE_3.14.0.tar.gz
Windows二进制	DOSE_3.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DOSE_3.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DOSE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
软件包下载报告	下载数据