DMRScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRScan

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRScan。

检测差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.11

这个包检测显著差异甲基化区域(包括定性和定量特征),使用与潜在的泊松启发式扫描统计量。扫描统计量将取决于一系列窗口大小(#每个窗口内的论文认定)为每个窗口大小和一个阈值。这个阈值可以计算了三种不同的方式:1)分析使用Siegmund出版社(2012)解决方案(首选),2)一个重要抽样所显示张(2008),和3)获得完整模型建模的数据,选择不同的选项,每个CpG模型之间的依赖关系。

作者:基督教M页面(aut (cre),琳达Vos (aut),三个一组B Rounge[施,dtc], Hanne F Harbo(黑色),贝蒂娜K Andreassen (aut)

维护人员:基督教M页<页。巴克在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMRScan”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DMRScan”)

HTML	R脚本	DMR扫描装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	测序,软件,技术,WholeGenome
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	矩阵,质量,RcppRoll,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb、方法、mvtnorm、统计、并行
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/christpa/DMRScan
BugReports	https://github.com/christpa/DMRScan/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMRScan_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	DMRScan_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DMRScan_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRScan
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRScan
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRScan/
包下载报告	下载数据