DMCHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCHMM

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DMCHMM

基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG

Bioconductor版本:3.11

在亚硫酸氢盐测序数据中使用隐马尔可夫模型识别差异甲基化CpG位点的管道。

作者:Farhad Shokoohi

维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>

引文(从R内,输入引用(“DMCHMM”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DMCHMM”)

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文本 新闻

细节

biocViews 报道DifferentialMethylationHiddenMarkovModel测序软件
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0.0),SummarizedExperiment、方法、S4VectorsBiocParallelGenomicRangesIRangesfdrtool
进口 utils, stats, grDevices,rtracklayermultcomp校准、图形
链接
建议 testthatknitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/shokoohi/DMCHMM/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DMCHMM_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 DMCHMM_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DMCHMM_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCHMM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMCHMM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DMCHMM/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网