DMCFB
doi：10.18129/b9.bioc.dmcfb
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅DMCFB。
通过贝叶斯功能方法差异化甲基化的胞嘧啶
生物导体版本：3.11
DMCFB是用于使用Bisulfite测序数据中的贝叶斯功能回归模型鉴定差异甲基化细胞的管道。通过使用功能回归数据模型，它试图捕获特定位置特异性，特异性和其他协变量特异性甲基化模式以及空间相关模式以及甲基化数据的未知基础模型。相对于真正的潜在模型和任何协变量的包含，它是强大而灵活的，并且使用位置和样品之间的空间相关性归咎于缺失值。采用贝叶斯方法来估计和推断拟议的方法。
作者：Farhad Shokoohi
维护者：farhad shokoohi
引用（从r内，输入引用（“ DMCFB”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dmcfb”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ DMCFB”）
| html | R脚本 | 使用BS-Seq数据中的贝叶斯功能回归识别DMC |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 贝叶斯，，，，覆盖范围，，，，差甲基化，，，，回归，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.10（R-3.6）（1年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.6.0），总结性特征， 方法，S4VECTORS，，，，生物比较，，，，基因组机，，，，iranges |
| 进口 | UTIT，统计，Speedglm，，，，大量的，，，，Data.Table，花键，手臂，，，，rtracklayer，，，，基准，，，，蒂布尔，，，，矩阵，，，，FastDummies，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/shokoohi/dmcfb/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dmcfb_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | dmcfb_1.2.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | dmcfb_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmcfb |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmcfb |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/dmcfb/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
